En septiembre del 2000 comenzó el primer curso del nuevo Colegio Diocesano San Atón como centro concertado. El Colegio Diocesano San Atón es, pues, una respuesta social y pastoral de la Archidiócesis de Mérida-Badajoz. Se trata de una oferta de educación cristiana en una sociedad pluralista. En definitiva, es un colegio que, asumiendo todo el acervo histórico, quiere continuar, a través del tiempo, su nombre y, sobre todo, sus esencias educativas y pastorales.

El Centro está situado en la Avda. Manuel Saavedra Martínez, 2, en la Barriada de San Fernando, en la margen derecha del río Guadiana. La zona urbana en la que se ubica el Centro de San Atón está considerada por el M.E.C. como de futuras ampliaciones, confirmada por la progresiva y rápida urbanización de la zona y de la llegada a la misma de familias, en su mayoría jóvenes y, por tanto, con hijos en edad escolar. En la actualidad cuenta con un número total aproximado de 30.000 habitantes.

El Colegio comparte edificio con el Seminario. Tras una profunda remodelación y distribución de los espacios del edificio del seminario, las instalaciones que pertenecen al Colegio cumplen perfectamente los requisitos previstos en el ordenamiento jurídico. Las reformas efectuadas posibilitan un servicio de mayor calidad y comodidad con lo que se pretende ofrecer un servicio a la barriada de San Fernando.